Der Aufsichtsrat des WasserClusters setzt sich aus je einem Vertreter der drei beteiligten Universitäten (Universität für Bodenkultur Wien, Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems, Universität Wien) und je einem Vertreter der zwei Hauptfördergeber (NÖ Landesregierung, Stadt Wien) zusammen.
An der Universität für Bodenkultur Wien ist der WasserCluster dem Department für Wasser-Atmosphäre-Umwelt angeschlossen, an der Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems) der Fakultät für Gesundheit, Medizin und Forschung - Research Lab for Aquatic Ecology and Ecosystem Health und an der Universität Wien dem Department für Fuktionelle und Evolutionäre Biologie,
Mit der Geschäftsführung sind Priv.-Doz.in Dr.in Gabriele Weigelhofer und Bernhard Mang, MSc. betraut. Die Entwicklung und Durchführung von Forschung und Lehre wird von den fünf Arbeitsgruppenleitenden und ihren Arbeitsgruppen umgesetzt.
Der wissenschaftliche Beirat besteht aus acht Expert*innen auf dem Feld der Gewässer- und Ökosystem-Forschung.
