Der Aufsichtsrat des WasserClusters setzt sich aus je einem Vertreter der drei beteiligten Universitäten (BOKU University, Universität für Weiterbildung Krems, Universität Wien) und je einem Vertreter der zwei Hauptfördergeber (NÖ Landesregierung, Stadt Wien) zusammen.
An der BOKU University ist der WasserCluster dem Department für Ökosystemmanagement, Klima und Biodiversität angeschlossen, an der Universität für Weiterbildung Krems (Donau-Universität Krems) der Fakultät für Gesundheit, Medizin und Forschung - Research Lab for Aquatic Ecology and Ecosystem Health und an der Universität Wien dem Department für Fuktionelle und Evolutionäre Biologie,
Mit der Geschäftsführung sind Assoc. Prof. Dr. Gabriele Weigelhofer und Bernhard Mang, MSc. betraut. Die Entwicklung und Durchführung von Forschung und Lehre wird von den fünf Arbeitsgruppenleitenden und ihren Arbeitsgruppen umgesetzt.
Der wissenschaftliche Beirat besteht aus sieben Expert*innen auf dem Gebiet der Gewässer- und Ökosystem-Forschung.
